Les mairies faisant partie du territoire d'intervention d'Epsilon s’impliquent également dans l’action du Réseau Epsilon, par la signature de conventions, mais également en attribuant des subventions au profit de l’Association Epsilon. Ce soutien associé à celui d'autres structures, établissements ou collectivités permet la mise en place de co-financements et donc la mise en oeuvre de proejts spécifiques.

Le financeur principal du Réseau reste cependantl'Agence Régionale de Santé qui octroie au Réseau une subvention au titre du Fonds d'Intervention Régional.